A. 反向互补、反向、互补序列有何区别
一、顺序不同:
原序列:AATTCCGG,
则反向序列为:GGCCTTAA 就是原序列反过来;
互补序列:TTAAGGCC 就是与原序列互补;
反向互补:CCGGAATT 就是与反向序列互补。
二、概念不同:
互补的概念就是A-T,C--G配对
要将核苷酸序列转换成反向互补序列,需要用DNASTAR软件,其中有EditSeq组件。
三、序列编码不同:
在用DNAMAN的多序列比对时,包括编码链和非编码连的比对,测序得到的目的片段可能是非编码链(即目的基因的编码链的互补序列),而NCBI中提交的序列都是编码链的序列。
#!usr/bin/perl/-w
print "put in";
$a=<STDIN>;
chomp($a);
@q=split (//,$a);
@p=reverse @q;
foreach my $i (@p){
if ($i eq "A"){print "T";}
elsif ($i eq "T"){print "A";}
elsif ($i eq "G"){print "C";}
elsif ($i eq "C"){print "G";}
}
(1)editseq软件苹果电脑扩展阅读:
利用反向PCR可对未知序列扩增后进行分析,探索邻接已知DNA片段的序列,并可将仅知部分序列的全长cDNA进行分子克隆,建立全长的DNA探针。适用于基因游走、转位因子和已知序列DNA旁侧病毒整合位点分析等研究。
用传统的缓冲液和其他提供者推荐的条件裂解DNA。反向PCR所扩增的片段的大小由PCR扩增片段的大小决定,PCR扩增的实际上限为3-4kb。
能裂解核心区的内切酶使反向PCR只能扩增引物所定模板(依赖于引物)的上游 或上游区,而不裂解核心区的酶则使两上边侧序列都扩增,并带有由内切酶和环化类 型决定的接点(例如,互补突头连接与钝头连接)。
B. 全基因合成钱对目的基因序列进行GC含量和重复序列分析的软件是什么
1.可以使用在线分析工具RepeatMasker: http://www.repeatmasker.org/,重复序列和CG含量都可以同时分析出来。
2.另外也可以使用DNAstar。下载安装DNAStar软件包;打开NAStar软件包里的EditSeq软件;在打开的界面里依次点击File、Open,打开所要分析的序列;用鼠标选定打开的序列后,依次点击Goodies、DNAStatistics;此时弹出一个文本框,显示GC含量等信息。
C. 如何将核苷酸序列转换成反向互补序列
1、要将核苷酸序列转换成反向互补序列,需要用DNASTAR软件,其中有EditSeq组件。用法很简单,如图示:
2、原序列:AATTCCGG
则反向序列为:GGCCTTAA 就是原序列反过来;
互补序列:TTAAGGCC 就是与原序列互补;
反向互补:CCGGAATT 就是与反向序列互补。
互补的概念就是A-T,C--G配对