㈠ 如何用NCBI查询一种蛋白质的分子量
1、电脑浏览器网络搜索NCBI,直接点击图示链接进入。
㈡ 有没网站可以查食物的蛋白质、热量、脂肪等成分
在百渡查询 “食品营养成分表”或者在安卓电子市场可以提供这样的App下载的。
㈢ 怎么找到蛋白质作用靶点
首先破坏这个蛋白,看有多少基因被影响,用EMSA试验筛选其上游的启动子区域即可
㈣ 怎样通过PDB网站查询蛋白质的结构,并绘图作出其活性中心,二维结构等相关信息
PDB网站的查询方式其实很简答,可是输入ID,也可以直接输入你要查找的蛋白的英文名字,数据库提供的都是已经解析的蛋白,因此,里面会有详细的介绍该蛋白的各个特征,包含结构,活性中心以及底物等。结构分析软件很多,pymol是其中一种,也可以用spdviewer,chimera等等。都可以做出漂亮的图。
㈤ 在NCBI上查一个基因的mRNA和蛋白质序列,怎么知道这个基因是含有信号肽的呢哪个地方会说明
NCBI上一般不会有说明,你需要近其他预测信号肽的网站进行分析
比如:
http://psort.ims.u-tokyo.ac.jp/
http://www.cbs.dtu.dk/services/
㈥ 国际着名的三大蛋白质数据库
国际着名的三大蛋白质数据库有UniProt数据库、The Human Protein Atlas数据库、PhosphoSitePlus数据库。
1、UniProt数据库
蛋白组学常用数据库UniProt(全称UniProt Protein Resource),建立于1986年,由Swiss-Protein、TrEMBL、PIR-PSD三大蛋白质数据库联合成立的,其信息量丰富、资源广泛,是目前公认的首选免费蛋白质数据库。
2、The Human Protein Atlas数据库
The Human Protein Atlas内含近30000种人类蛋白质的组织和细胞分布信息,并提供免费查询。
瑞典Knut&Alice Wallenberg基金会利用免疫组化技术,检查每一种蛋白质在人类48种正常组织,20种肿瘤组织,47个细胞系和12种血液细胞内的分布和表达,其结果用至少576张免疫组化染色图表示,并经专业人员校对和标引,保证染色结果具有充分的代表性。
3、PhosphoSitePlus数据库
PhosphoSitePlus数据库是一个由CST和NIH联合开发的免费资源数据库,总结归纳了海量通过科学研究发现的蛋白修饰位点,包括磷酸化、甲基化、乙酰化、泛素化等,并且包括一些CST公司发现但未发表的蛋白修饰位点。
该数据库是动态的、开放的、高度互动并持续更新的。它有助于研究PTMs在正常和病理细胞/组织中的作用,同时它也是发现新的疾病标志物和药物靶点的有力工具。
性能及历史
蛋白质数据库(HPDB),建于2005年5月,动态展示生物大分子立体结构,鼠标点击放大分子结构、原子定位、测定原子之间距离,可用于教学或科研。服务对象是能够熟练使用中文的生命科学、医学、药学、农学、林学等领域的大中专学生、教师及科技工作者。
分子结构特征描述采用汉语,同时提供英文原文以供考证。对于善于使用英文的读者,我们提倡直接访问RCSB PDB,一来可以减少网络拥挤,二来可以减少由于HPDB的翻译不妥带来的不便。
蛋白质数据库(HPDB)对每个蛋白质分子结构说明部分做了中文翻译(最新加入数据库的分子除外),内容包括分子结构定性描述、样品的来源、表达载体、宿主、化学分析方法、分子结构组成成分等。这些信息并同蛋白质分子结构数据存储于数据库,因此HPDB支持中文查询。
蛋白质数据库(HPDB)虽然翻译了“分子结构说明”部分,但为了保证数据的可靠性和准确性,HPDB对一级结构序列及大分子结构坐标数据等未做任何改动,数据库保持RCSB PDB核实后的原始实验数据文件,并保持PDB文件格式和蛋白质分子编号。
㈦ 如何找到蛋白的在细胞上的作用靶点
蛋白水平几assay先测或者再加细胞水平用pulldown实验面适部位接biotin影响性基础看看能能靶向蛋白拉
或者条件用核磁共振鉴定
㈧ 如何利用NCBI查询蛋白质等电点
NCBI无法查询蛋白质等电点,可以到swissprot查询。
这个NCBI没有相关的功能,这个是以核苷酸序列为主。因为等电点特性是蛋白质水平的分子特性,可以到swissprot进行查询,查询蛋白质等电点需要到专业的平台进行查询。
另外NCBI开发有Genbank等公共数据库,提供Pubmed、BLAST、Entrez、OMIM、Taxonomy等工具,可对国际分子数据库和生物医学文献进行检索和分析。
(8)哪个网站可以查蛋白的干扰靶点扩展阅读:
NCBI开发用于分析基因组数据和传播生物医学信息的软件工具。NCBI支持与推广多种医学及科技方面的数据库,如:三维蛋白质结构的分子模型数据库(MMDB)、孟德尔人类遗传(OMIM)等。
另外使用CD-Search工具来可以鉴定蛋白质或者核酸序列内的保守结构域或功能单位。该工具位于NCBI中。可以进入NCBI后选择ConservedDomain中的Search。
除此之外这个网站Search的黄色部分其中CD-search只能提交单条序列,BatchCD-Search可以上传多条序列,里面收录的数据范围是比较广的,可以利用NCBI进行检索。